Родился в 1896 г. в деревне Пушкарёвской Орловского уезда Вятской губернии в крестьянской семье. Трудовой путь начал в 1913 г. подсобным рабочим у купцов. С 1915 г. служил в армии, принимал активное участие в работе солдатских комитетов. В апреле 1917 г. вступил в РСДРП(б). В период Октябрьской революции 1917 г. был членом ревкома 5-го армейского корпуса на Юго-Западном фронте. С 1918 г. Иван Алексеевич работал комиссаром юстиции Вятского губисполкома и председателем революционного трибунала. В июне 1918 г. был избран делегатом на V Всероссийский съезд Советов. В мае 1919 г. Иван Алексеевич добровольно вступил в ряды Красной Армии. Был работником политотдела, председателем ревтрибунала 29-й стрелковой дивизии 3-й армии, а затем комиссаром полка, освобождал Урал и Зауралье от колчаковцев. При непосредственном участии Фарафонова в Мехонской и Шатровской волостях были организованы волостные революционные комитеты. В боях с колчаковцами Фарафонов дошёл со своим полком до Ишима. Затем дивизию, в которой он служил, перебросили на Южный фронт против банд Мамонтова и Шкуро. Затем на Западном фронте Фарафонов сражался с белополяками. После демобилизации Фарафонов работал в Вятском губернском отделе юстиции и ревтрибунале. В 1922 г. по направлению Челябинского губкома ВКП(б) Иван Алексеевич был избран председателем Курганского уездного исполкома Совета и одновременно - председателем исполкома Курганского городского Совета. В 1923 г. его избрали членом Уралоблисполкома. Иван Алексеевич немало сделал для восстановления системы Советов и перехода экономики Зауралья на «мирные рельсы». В последующие годы Фарафонов работал в Омской области начальником политотдела совхозов «Коммунар» и «Лесной», лектором Омского обкома партии. В ноябре 1941 г. ушёл на фронт. В Сталинградской битве был тяжело ранен. После выздоровления служил в Советской Армии до 1946 г., затем работал в Омском обкоме партии и преподавателем политэкономии в Омском сельскохозяйственном институте. И.А. Фарафонов награждён орденами Ленина, Отечественной войны II степени и пятью медалями. В 1972 году ему было присвоено звание «Почётный гражданин города Кургана».