Родился в коммуне Брандё на Аландских островах в Великом Княжестве Финляндском в семье выходцев из Швеции. Отец Акселя был священником. В 1869 г. Гейкель сдал экзамены в высшей школе, дававший право на поступление в университет. В 1880 г. защитил диссертацию на степень бакалавра философии, в 1887 г. - лиценциат. Гейкель стал одним из основоположников финно-угорской этнографии. В 1883-1910 гг. он провёл обширные этнографические и археологические исследования финно-угорских народов России. В 1889-1890 и 1893 гг. был в Сибири, изучал собрания сибирских музеев, занимался археологическими исследованиями в Минусинском крае, Урянхве, на Ольхоне и в Южном Зауралье.
Профессор Хельсинкского университета.