Родился в деревне Новониколаевка Екатеринославской губернии в многодетной семье. Ему было шесть лет, когда родители по причине малоземелья переселились в зауральское село Матасы (ныне Петуховского района Курганской области). Отец устроился на железную дорогу сначала ремонтным рабочим, затем путевым обходчиком. В раннем возрасте Пётр начал работать - помощником весовщика в товарной конторе, приказчиком торгового магазина в селе Юдино-Вознесенское, продавцом в железнодорожном буфете станции Петухово, ремонтным рабочим и котельщиком в железнодорожных мастерских в городе Кургане. В 1905 году Гордиенко поступил в Омскую фельдшерскую школу. В этот период он приобщился к революционному движению, оказался в одном из молодёжных кружков социал-демократов. Подвергался аресту. После окончания школы Пётр Яковлевич работал в сёлах Частоозерское Ишимского уезда и Белозерское Курганского уезда. Во время Первой мировой войны Гордиенко призвали в армию. Он служил военным фельдшером в Кургане, в лазарете, где лечили раненых фронтовиков. Здесь организовал политический кружок, стоявший на большевистских позициях. В первые дни Февральской революции избран председателем лазаретного комитета и делегатом в Совет рабочих и солдатских депутатов, а Советом избран в состав Центрального исполнительного комитета Советов Сибири (Центросибирь). До Октябрьской революции в Совдепе возглавлял группу большевиков. Был делегатом от Курганского Совета на первом Всесибирском съезде Советов в Иркутске. 18 ноября 1917 после перевыборов большинство в курганском Совете рабочих и солдатских депутатов получили большевики, председателем избрали П. Я. Гордиенко. Первый крестьянский съезд Курганского уезда, председателем которого был Гордиенко, единодушно решил вопрос об объединении Совета крестьянских депутатов с Советом рабочих и солдатских депутатов в одну организацию и решил взять всю полноту власти в городе и деревне в руки Совета рабочих, солдатских и крестьянских депутатов. В 1918 году по состоянию здоровья Пётр Яковлевич выехал к семье, в село Чёрное Тобольского уезда. О мятеже Чехословацкого корпуса узнал, когда контрреволюция уже произошла в Тобольске и Тюмени. В селе он создал подпольную ячейку, но вскоре был арестован, оказался в тобольской тюрьме. После окончания Гражданской войны Гордиенко работал на руководящих должностях в советских и партийных органах в Западно-Сибирском крае - на Алтае и в Новосибирске. Избирался кандидатом в члены ВЦИК XV созыва и членом ЦИК СССР VI созыва. Награждён орденом Трудового Красного Знамени. В 1937 году Гордиенко был репрессирован: арестован по обвинению в принадлежности к антисоветской право-троцкистской террористической, диверсионно-вредительской организации. 22 июня 1938 г. осужден выездной сессией Военной коллегии Верховного Суда СССР по ст. 58-7-8-11 УК РСФСР, приговорен к расстрелу. Приговор приведен в исполнение в тот же день в Новосибирске. В 1957 году П.Я. Гордиенко реабилитирован посмертно.