Родился в селе Огорь Жиздренского района Калужской губернии в семье крестьянина-кустаря. Первоначальное образование получил в 3-классном городском училище, затем учился в низшей школе для практиков садоводов в городе Жиздре. Среднее общее и специальное образование Матвей Иванович получил в Уманском среднем училище садоводства и земледелия, где обучался с 1911 по 1917 гг. и окончил по первому разряду с отличием. В период обучения исполнял обязанности старшего наблюдателя метеорологической станции. По окончании учёбы Лопатин был оставлен в училище, преобразованном в 1929 г. в сельскохозяйственный институт. Занимал должности лаборанта кафедры земледелия, лектора второго и первого разряда. В 1927 г. окончил Ленинградский институт защиты растений по специальности «Фитопатология». С 1929 по 1941 гг выполнял обязанности профессора по защите растений и сельскохозяйственной микробиологии. В 1930 г. был утверждён в учёном звании профессора. С 1941 по 1942 гг. Матвей Иванович участвовал в Великой Отечественной войне в качестве среднего командира. В 1942 г. работал агрономом в райсемхозе "Коминтерн" Екатеринославского района Саратовской области.
С 15 января 1943 г. до последних дней жизни Лопатин работал в Курганском сельскохозяйственном институте, затем в Курганской сельскохозяйственной академии. Он бессменно заведовал кафедрой защиты растений, был деканом зооинженерного факультета, с 1949 по 1959 гг. - заместителем директора института по учебной и научной работе, с 1961 по 1963 гг. - заведующим областным опытным полем. Готовил аспирантов по специальностям энтомологии и фитопатологии, защите растений. Лопатин опубликовал свыше ста научных статей, издал 17 брошюр, 5 книг, в том числе два учебных пособия в соавторстве с Т. Соколовым.
Многие годы М.И. Лопатин являлся председателем областного комитета защиты мира, председателем и членом президиума областной организации общества «Знание», председателем Курганского отделения Всесоюзного энтомологического общества. Награждён орденами Ленина, Октябрьской Революции, "Знак Почёта".
Умер в 1974 г.